אפרת לוי סיימה בהצטיינות תואר ראשון בפסנתר סולו ותואר שני במוסיקה קאמרית וקורפטיציה בבית הספר למוסיקה על שם בוכמן-מהטה באוניברסיטת תל אביב. את שירותה הצבאי עשתה בתזמורת צה"ל, שם ניגנה תחת ניצוחו של יצחק "זיקו" גרציאני ז"ל. היא בוגרת הקונסרבטוריון למוסיקה בתל אביב, בכיתתה של מלכה מבורך ז"ל.
מגיל צעיר מנגנת אפרת בהרכבים קאמרים וברסיטלים בארץ ובעולם.
השתתפה בכיתות אומן ופסטיבלים שונים בישראל, אירופה וארצות הברית: כיתות אומן לפסנתר "תל-חי", סדנת המוסיקה של יצחק פרלמן, כיתות האומן של האקדמיה למוסיקה בלוזאן עם פייר אמויאל וברונו כנינו ועוד. כמו כן, השתתפה כפסנתרנית ומנהלת מוסיקלית בפסטיבל המוסיקה הבינלאומי "ISAM".
עוסקת בהדרכה מוסיקלית של זמרים במסגרות לימודיות והפקות שונות, ביניהן: התזמורת הקאמרית הישראלית, התזמורת הקיבוצית, הסטודיו למשחק "יורם לוינשטיין", מקהלת "מעיין" והאופרה הישראלית.
כמו כן משתתפת בקביעות כפסנתרנית מלווה בכמה סדנאות אופרה – ביניהן סדנת האופרה IVAI בתל-אביב ובקיארי (איטליה) והסדנה "גוף האדם ככלי נגינה" בהנחייתה של פרופ' ריטה דאמס.
אפרת השתתפה בהקלטה ראשונה של יצירותיו לכינור ופסנתר של המלחין הצ'כי ז'רומיר ויינברגר, הפקה של דויטשלנדפונק קלן.