מוסיקאי, מלחין, מעבד.
ניגן בכלים רבים. היה פעיל בתחומי המוסיקה הקלאסית, המוסיקה הקלה לגווניה, הזמר העברי ומוסיקה יהודית.
נולד בוילנה, פולין, שם החל בלימודי פסנתר. כשעלה עם משפחתו לארץ ב- 1936 התגורר בפתח תקווה והצטרף כנגן טרומבון לתזמורת "מכבי" שהוקמה שם.
כשעברה המשפחה לירושלים, התקבל אהרוני לתזמורת המשטרה כנגן כלי נשיפה שונים.
התזמורת ניגנה בטקסים ובאירועים של הבריטים אך גם בהופעות קונצרטיות. כרבים מחבריה היהודים השתייך אהרוני לארגון ה"הגנה". במסגרת פעילותו דיווח על ידיעות ששמע מפי הבריטים והבריח לעיתים נשק במארז האקורדיון ו/או החצוצרה.
עם קום המדינה (ומעט לפני כן) הוטל על נפתלי אהרוני לעבד את המארשים החדשים-אז (שיר הפלמ``ח ורבים משירי תש``ח המוכרים לנו) ואת ריקודי-העם החדשים-אז עבור תזמורת המשטרה. עיבודיו נשארו ברפרטואר שנים רבות.
כשעזב את המשטרה התקבל אהרוני לתזמורת רשות השידור (אז "קול ישראל") כנגן קונטרבס, כחצוצרן, כנגן-טובה וכאקורדוניסט. הוא ניגן בתזמורת עד שפרש לגימלאות ב-1984.
לאחר הפרישה, המשיך אהרוני בפעילותו המוסיקלית. בין היתר יצר עיבודים להרכבים שונים והשתתף בהקלטות עבור הרדיו והטלויזיה.
נפתלי אהרוני שלט ב-14 שפות והיה בעל תואר בגיאוגרפיה ובלימודים רומאניים.