במאמר ביקורת מ-1936 בשם "סנוניות ראשונות", שכתב יהודה בורלא לקונצרט של הזמרת חנה קיפניס, הוא מביא את רשמיו מלחניו של זעירא: "הלה, דומה, מציפים אותו מוטיבים מזרחיים בעיקר; הוא חודר אל נוף הארץ, אל ניצני ההווי שלנו לסעיפיו, בהרגשה עמוקה וכנה. דומה שביליד רוסיה זה, כמו נשתמרה על פי איזה גורם נעלם...תמצית מה ממהות השירה העברית המזרחית העתיקה...שמעתי מפיו מוטיבים כאלה, דומים לרוב למוטיבים עתיקים מאד מפיוטים ונגינות מזרחיות, שברור לי, שלא נזדמן לו לשמעם מעודו"
לאחר ביצוע הבכורה של השיר 'חמישה יצאו לדרך', (ע"י חנה קיפניס, בקונצרט בו השתתפה ב-1938) כתב מחבר השיר ש.שלום למלחין: "נימי ליבי הורעדו למנגינותיך הנאצלות", "ניגונך המקורי השיב משב רוח רענן והפעים את הלבבות, ובזאת קנית לך זכות עולם". המלחין משה וילנסקי סיפר בראיון, שבשנותיו הראשונות בארץ, שאיפותיו וחלומותיו היו להלחין כמו זעירא.
ב-1939 נערך קונצרט חגיגי מיוחד לכבודו, למלאת עשור ליצירתו; מחווה בלתי רגילה לאמן מכל תחום שהוא. הזמרת חנה קיפניס שרה בו עשרה משירי המלחין, (ביניהם השירים החדשים 'היו לילות' ו'שיר של זייד'). דברי הערכה לניב המקורי שלו נשאו, בין היתר, אליעזר לובראני, מנהלו הראשון של 'קול ירושלים', ומורהו לשעבר הפרופסור שלמה רוזובסקי. זעירא מצידו לימד את הקהל את השיר 'תל עמל' (מילים נ. אלתרמן). קונצרט חגיגי נוסף, במלאת 25 שנה ליצירתו, נערך על ידי המרכז לתרבות והסברה של ההסתדרות. בין האמנים שהשתתפו באירוע היו חנה אהרוני, שרה יערי, חנה זמיר ומקהלת צדיקוב, שבצעה קטעים מתוך 'שירת הלחם', מזמור לעובדי האדמה (מילים - ע.אבישר); מחזור בן חמישה שירים, שהידוע בהם הוא 'שירת הזורע'.
בהקשר לאותו מעמד, כתב לו נתן אלתרמן: "ניגונך הנפעם והרווה היה בין מלוויה הנאמנים של הארץ הזאת...היית פה ומיתר לבוכה ולאוהב, לרבים ולבודד, ליחיד בהתעטף נפשו, ולציבור בעמדו בשער". אליעזר לובראני, כתב לו לאותו אירוע ממיטת חוליו בבית החולים: "צליליך הפכו נכס צאן ברזל באוצר הלחן הישראלי המחודש"; וישעיהו אברך, ראש המחלקה לאמנות שליד המרכז לתרבות והסברה, הוסיף: "רציתי ללחוץ את ידך בברכה על הברכה הגדולה שנתת לזמר העממי, ועל הצניעות שבה נתת אותה".
בהקדמה לספר 'עוד שיר אחד' כתב אודותיו ידידו ושותפו לכתיבה יעקב אורלנד "מבלי להיפתות ליצר הקירבה והרעות", שזעירא "היה מלחין יהודי וישראלי נדיר וקסום ונפלֶה מעמיתיו...המשיג את מרחקי-תולדותינו כעם בראשית, ששורשי קולותיו בגעיות-צאן ובתרועות מלך כאחד, ובלחשי-תפילה ובפיזומי מיסתורין כאחד". במאמרו, כתב ספיבק, ששיריו של זעירא חיים ומושרים "בפי כל חובבי זמר ישראלי, וכן תופסים הם מקום מכובד בכל השירונים שבהם מודפסים שירי ארץ ישראל. כל זאת בגלל יכולתו הרבה בחיבור מנגינות, המתחבבות אפילו לאחר האזנה ראשונה, אך אין הן בגדר פזמון אשר ימיו קצרים והוא נשכח במהרה".
בהקדמתו לספר השירים "לילה לילה", מציין חוקר הזמר העברי אליהו הכהן מספר שירים ידועים של זעירא כ'לילה לילה', 'שני שושנים', 'אדמה אדמתי', 'שיר ההודיה' ו'שלכת', ומעיר ש"בחלוף השנים מוכחת סגולת ההשתמרות שבה בורכו השירים הללו, כיין המשומר שלא נס ליחו עשור אחר עשור". זמרי הדור החדש, הוא מוסיף, ממשיכים לבחור להופעותיהם "שירים מבית היוצר של מרדכי זעירא, המלחין שהיה מחלוצי הזמר העברי, ומחשובי היוצרים של הלחן הארץ הישראלי החדש".
בתחרות שירים לעדלידע זכה שירו 'שושנת ישראל' (1955, מילים - א.המאירי) בפרס עירית תל אביב, וב-1958 זכה הלחן שחיבר לשיר 'תל-אביב' בפרס ועדת השופטים, בתחרות הפומבית ללחן שיר היובל של עיריית תל-אביב. בפסטיבל הזמר הראשון, שנערך ב-1960, ובו עמדו השירים לשיפוט הקהל בהיכל התרבות, זכה השיר 'העלמה' (מילים - נ.אלתרמן) במקום השני.